getTwoTaxaAccuracy

getTwoTaxaAccuracy 鸣谢最新更新功能使用方法

制作：张敖 https://datahold.cn

鸣谢

张学才，CIMMYT，指导

最新更新

【2021-06-01 18:59:29】

功能完成，新鲜发布。

功能

  1. 测序时，有时会设置2个相同的材料用于评估测序的准确性。本程序计算相同碱基/总碱基座的比率（只计算非缺失位点）。

使用方法

  1. 计算全过程，请保证网络通畅。

  2. 将相同的材料列表保存成CSV文件。【示例文件.csv】

    MarkersGID
    GMPGBS24-P12:MRG:3:250142093275823
    GMPGBS24-P13:MRG:3:250142210275823
    GMPGBS25-P12:MRG:3:25014209434867
    GMPGBS25-P13:MRG:3:25014220934867
    GMPGBS541:MRG:3:250142096279158
    GMPGBS541:MRG:3:250142163279158
    GMPGBS542:MRG:3:250142097279159
    GMPGBS542:MRG:3:250142164279159
    GMPGBS543:MRG:3:250142098279160
    GMPGBS543:MRG:3:250142165279160
    GMPGBS544:MRG:3:250142212279161
    GMPGBS544:MRG:3:250142278279161
    GMPGBS545:MRG:3:250142213279162
    GMPGBS545:MRG:3:250142279279162
    GMPGBS546:MRG:3:250142214279163
    GMPGBS546:MRG:3:250142280279163

  3. 将下列代码复制到Rstudio，然后全选运行。期间会弹出对话框2次，第一次选择hmp.txt格式的基因型文件，第二次选择包含相同材料名的列表文件。

  4. 程序运行完，结果在剪贴板，直接在需要的地方粘贴即可。第一列是ID，第二列是准确性。

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